Kościół Mariacki w Krakowie kryje w sobie wiele pięknych dzieł sztuki. Zachwycają swoim wyglądem, zdobieniem oraz kunsztem wykonania. W nawach bocznych znajdują się liczne ołtarze, obrazy i inne elementy wzbudzające podziw. Każdy z ołtarzy stanowi odrębną kaplice.
Kaplice
Kaplica św. Antoniego (zwana także kaplicą Złoczyńców). Barokowy ołtarz pochodzi z XVII wieku. Tutaj spędzali noc przestępcy skazani na śmierć, których rankiem wyprowadzano w asyście duchownych na miejsce kaźni.
Kaplica Matki Boskiej Loretańskiej pochodząca z końca XVI wieku. Mieści się w niej oltarz zaprojektowany przez Franciszka Placidiego oraz ołtarz Matki Boskiej Loretańskiej ubranej w srebrna sukienkę.
Kaplica św. Jana Chrzciciela (pierwotnie kaplica Ducha świętego) wzniesiona w 1446 roku. Pierwotnie w kaplicy znajdował się malowany oltarz wykonany przez Hansa Suessa z Kulmbachu. Obecnie znajduja się plyty nagrobne Seweryna Bonera i jego zony Zofii z Bethmanów (opiekunów kaplicy od XVI wieku). Ściany zdobi polichromia pędzla Józefa Mehoffera z 1932 roku.
Kaplica św. Wawrzyńca budowana w latach 1423-41. Wyposażenie barokowe z XVIII wieku. Polichromię ścian wykonał Jan Bukowski.
Kaplica Przemienienia Pańskiego (pierwotnie Bożego Ciała) została ufundowana w 1439 roku przez mieszczanina Jerzego Szwarca. Uwagę zwraca barokowy ołtarz z 1747 roku, dzieło Franciszka Palacidiego. Dzięki zastosowanej perspektywie mamy złudzenie panoramiczności skal, do których prowadza schodki po obu stronach ołtarza. W kaplicy ma miejsce stała adoracja najświętszego Sakramentu.
Kaplica św. Michała Archanioła znajduje się ponad kruchta północną. Opiekowali się nią kuśnierze. Ołtarz z wizerunkiem Matki Boskiej z Dzieciątkiem pochodzi z XVII wieku.
Kaplica Matki Boskiej Częstochowskiej (wcześniej pod wezwaniem św. Aleksego). W barokowym ołtarzu z rzeźbą Chrystusa znajduje się kopia obrazu jasnogórskiego. Według podania została namalowana na podstawie oryginału z 1638 roku, który przewożono przez Kraków w czasie potopu szwedzkiego. Obraz ten został ukoronowany papieskimi koronami 15 grudnia 1968 roku przez kard. Stefana Wyszyńskiego.
Kaplica św. Łazarza (wczesniej pod wezwaniem Matki Boskiej Śnieżnej). Barokowy ołtarz z obrazem Wskrzeszenie Łazarza oraz krucyfiks z XVIII wieku.
Kaplica św. Walentego (zwana także kaplicą Matki Boskiej Ostrobramskiej). Wzniesiona w 1443 roku. W późnobarokowym, murowanym ołtarzu, kopia obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej pędzla Rafała Radziewicza. W tej kaplicy znajduje się epitafium nagrobne Jana Sebenwirta, które jest najstarsza płytą nagrobna w kościele Mariackim. Polichromia projektu Stanisława Wyspiańskiego.
Kaplica św. Jana Nepomucena wzniesiona w 1435 roku przez Franciszka Wiechonia z Kleparza. W podziemiach znajdują się groby donatorów kościoła książąt: oświęcimskich, raciborskich, zatorskich oraz Piastów śląskich. W oknie znajduje się witraż „Opieka Matki Boskiej nad Krakowem”, zwany „Dziękczynnym” z powodu ocalenia miasta i kościoła przed zniszczeniem, zaprojektowany przez Jana Januszewskiego w roku 1945.
Kaplica Aniołów Stróżów (Pernusowska, Męki Pańskiej) znajdująca się ponad południową kruchtą. Późnogotycki ołtarz jest przypisywany uczniowi z warsztatu twórcy krucyfiksu dzielącego nawę główna i prezbiterium. Nad ołtarzem późnobarokowy obraz Anioła Stróża.